影片大部分的故事场景都发生在室内，因为这个故事原本是由舞台剧改编而来。

《破军X档案致命异变》从一桩桩疑点丛生的案件展开，剥丝抽茧，层层深入将迷底不断揭晓，“多重反转”“意想不到”，在这个巨大而神秘的都市奇幻世界，上演了惊心动魄的探案故事。几年来优质悬疑题材电影稀缺，《破军X档案致命异变》作为原创IP，注重内容的创新，汇集奇幻、探案、悬疑等众多元素，以超强脑洞加持，力求打造一部温暖解压的优质科幻动作悬疑电影。

为确保法医秦明系列动画风格统一，快手新知与知名悬疑内容制作方魔宙再度联手，同后者旗下“天才职业故事”一起打磨剧本和动画，秦明本人也以原著作者和专业法医的双重身份悉心指导。配音方面，制作团队继续邀请声音领域大咖阿杰坐镇，由其带领专业团队反复打磨台词，为这部故事播讲动画注入灵魂。

在确定继续由路易斯·莱特里尔执掌《速度与激情11》之后，剧组再度确定了编剧人选。最终，本片的剧本由克里斯蒂娜·霍德森(《大黄蜂》《闪电侠》)和奥伦·尤济尔(《科洛弗悖论》《密室逃生2》)联合撰写。而从这一对组合过往的影片中不难推测，《速激11》或许会有更加强烈的科幻元素。

D小队成功的开启共鸣器，但共鸣器并没有成功绘制出整个地底通道的地图，当他们无功而返，准备返回联盟总部时，他们发现了一份兽族地底通道的地图，然而其内容并不完整，为了取得完整地图，他们决定到此地图的信号来源，东栅军校，马可斯的老家。之后他们所搭乘的直升机迫降在城市中，他们在马可斯父亲位于东栅军校秘密实验室中的电脑中，发现了一张完整的地图，这张地图显示了整个兽族的通道以蜂窝式的结构蔓延了整个星球的地壳，并且比任何人预期的还要大，D小队于是下载这份地图并打算用此作为发射光子导弹时所需的地图。同时，装了8颗光子炸弹的火车出发，但不幸地，兽族成功地抢下火车，把车上所有的军人丢下火车，D小队只能从火车即将路过的车站跳上车。D小队开车尽快赶到城市中的车站，马可斯与多姆接着跳上了载着光子炸弹的火车，而巴德和柯尔则没有赶上。马可斯和多姆最后杀死占据光子列车的兽族兰姆大将军，成功的引发了光子导弹，摧毁了兽族的通道网络。游戏最终部分，由霍夫曼上校发表胜利的演说表示兽族的通道已经崩塌，战争也近于结束；同时兽族女王最后发言，发誓兽族仍然会持续发动攻击。

此外，在最新发布的海报中，烟花漫天，灯火辉煌，桐人、亚丝娜、阿尔戈和联盟成员们漫步于古老的浮游城楼之上，眼神交汇间充满喜悦安宁，仿若只要与伙伴在一起，便可抵御万难。在同步曝光的剧照中，空虚巨像·福斯克斯以庞大的身躯气势压制，攻势猛烈，穷凶极恶。桐人、亚丝娜与同伴穿梭于霓虹剑影间奋力御敌，与其展开了殊死搏斗。时隔十一年故事线重回SAO，艾恩葛朗特第五层地下墓地和迷宫地势艰险、机关重重，两大联盟互争雄长、暗潮汹涌，桐人、亚丝娜并肩作战能否力挽狂澜，化解危机成功升级？